Місце біля мікрофона зайняла сестра Доблса, володарка класичного мецо-сопрано, Данішто Рівера (р. 17 березня 1977). Ця дівчина почала співати ще у вісім років, мала музичну освіту і навчалася джазовому вокалу.
Двома іншими членами проекту стали дез-метал гітарист Чарлі Екендал (екс-"Mendacity") і ветеран таких команд як "Cynic", "Death" і "Gordian Knot" барабанщик Шон Рейнерт. Утворився квінтет записав пару демок і почав придивлятися, кого б зацікавити своєю музикою. Благо, інтернет на той момент вже існував, і тому любителі прог-металу змогли дізнатися про нову групу без особливих проблем.
У "Aghora" з'явилися свої шанувальники, які з нетерпінням чекали виходу дебютної платівки. Музиканти ж, відчувши свою затребуваність, в 1999 році відправилися в студію і приступили до роботи над альбомом. Саме в цей час Енді ДеЛюка був змушений піти з групи, а його місце посів ще один колишній "цинік" Шон Малон. Новий басист став також співпродюсером альбому, а основну продюсерську роботу виконали Доблс і Ден Ескауріза. Диск "Aghora" вийшов у березні 2000 року на власному лейблі Сантьяго, "Dobles productions". Коли альбом побачив світ, багато хто став проводити паралелі "Aghora" з "Cynic".
Однак справа виглядала не зовсім так. Хоча в записі платівки і брали участь два "цинічних" хлопця, а сам Доблс був давнім шанувальником їх першої групи, Сантьяго зумів запропонувати новий погляд на бачення прог-металу, додавши у музику "Aghora" джазові та східні елементи. На платівці також відчувалися впливу Алана Холдсворта, "Mahavishnu Orchestra" і Стіва Вея.
Через деякий час після релізу стало ясно, що Малон втратив інтерес до даної команді і зосередився на інших проектах. Рейнерт теж не став довго затримуватися в складі і поїхав у своє рідне Лос-Анджелес. Однак групі хотілося пограти живцем, тому через деякий час "Aghora" обзавелися новою ритм-секцією в особі Алана Голдштейна (бас) і Річарда Комацу (ударні). На жаль, після кількох концертів Річард за станом здоров'я був змушений піти з групи. На цей раз пошуки ударника зайняли цілий рік і тільки в 2004-му за установку всівся Ян Хейес, якого вдалося перехопити на прослуховуванні у "Dimmu Borgir".
Однак на цьому кадрові проблеми у "Aghora" не закінчилися, оскільки теж з-за хвороби пішов Екендал. Потім кудись зник Комацу, а на його місце повернувся ДеЛюка. Коли всі ці перестановки були пройдені, група, нарешті, змогла приступити до роботи над другим альбомом з робочою назвою "Formless".