На початку 60-х Джон перебрався до Лондона, де став виступати на професійній основі, складаючи компанію таким музикантам як Алексіс Корнер, Джорджі Фейм і Грехем Бонд. Пізніше якийсь час він жив у Німеччині, граючи фрі-джаз разом з Гюнтером Хампель, а в 1969-му за участю саксофоніста Джона Сьюмена, бас-гітариста Дейва Холланда і барабанщика Тоні Окслі записав свою першу платівку "Extrapolation", зроблену на стику джазу і прога.
Незабаром Джона запросив в свою нову команду "Lifetime" американець Тоні Вільямс, і гітарист відправив у Нью-Йорк. Втім, в цьому проекті МакЛафлін затримався недовго, а замість того почав співпрацювати з Майлзом Девісом, попутно записавши пару власних альбомів.
На самому початку 70-х Джон всерйоз захопився індуїзмом, і це послужило приводом для створення ансамблю "Mahavishnu Orchestra". Даною команді музикант присвятив кілька років, випустивши з нею ряд цікавих джаз-рокових пластинок. Крім того, у 1972-му МакЛафлін скооперуватися з Карлосом Сантаной і записав з ним альбом духовних композицій "Love Devotion Surrender". Після розпаду "Mahavishnu Orchestra" гітарист разом з кількома індійськими музикантами зібрав нову команду, "Shakti", яка працювала в жанрі world music. Якщо цей проект виконував в основному акустичні речі, то в 1978-му Джон повернувся до електрики, що було відзначено в назві його сольного диска "Electric Guitarist".
За цим пішло створення "одноразового" бенду "One Truth Band" і випуск електрофанкового альбому "Electric Dreams". Приблизно в цей же час почалися спільні концерти МакЛафліна з Елом Ді Меолою та Пако Де Люсією. Виступи гітарного тріо проходили на ура, а платівки "Friday Night In San Francisco" і "Passion, Grace & Fire" розійшлися солідними тиражами.
На початку 80-х Джон випустив пару сольників, "Belo Horizonte" і "Music Spoken Here", вільних від його індійських пристрастей, після чого ненадовго повернувся до назви "Mahavishnu Orchestra". У 1988-му вийшла платівка "Mediterranean", зроблена за участю Майкла Гіббса і представляла собою концерт для гітари з оркестром. У самому кінці 80-х МакЛафлін разом з басистом Каєм Екхардт і перкусіоністом Трілоком Гурт організував тріо імені себе самого. "John McLaughlin Trio" залишило після себе кілька робіт, "Live At The Royal Festival Hall" і "Que Alegria", а в 1993-му Джон випустив альбом "Time Remembered", присвячений його партнерові по "MO" Біллу Евансу.
У 1996-му гітарист ненадовго відновив співпрацю з Пако Де Люсією і Елом Ді Меолою, а під кінець десятиліття відродив один зі своїх колишніх проектів з дещо видозміненим назвою "Remember Shakti". У 2003-му МакЛафлін знову звернувся до класичної гітарі на "Thieves And Poets", а його наступний альбом "Industrial Zen" був витриманий у стилі хард-боп і ф'южн.