Якраз в цей час йому на очі попався вокаліст Зак Де Ла Роча, реповавшій в одному з лос-анджелеських клубів. Томасу сподобалася виконавська манера Зака, і гітарист перший запросив його в свою команду.
Наступним рекрутом став колишній знайомий Морелло, барабанщик Бред Уілкі, а завершив формування складу давній друган Де Ла Рочі, басист Тім Коммерфорд. Назва, під якою почав функціонувати новостворений колектив, була запозичена з нереалізованого альбому попередньої групи Зака "Inside Out".
У 1992 році "Rage Against The Machine" записали касету з дванадцятьма піснями. Композиція "Bullet in the Head" з цієї плівки миттєво стала хітом і в тому ж році була перевидана у вигляді синглу. До творчості колективу проявили інтерес декілька лейблів, проте музиканти зупинили свій вибір на "Epic Records", яка надала їм найбільшу свободу. Вже в кінці 1992 року вийшов дебютний альбом "Rage Against The Machine". Наявність таких хітів як "Killing in the Name" і "Bombtrack", участь у турі "Lollapalooza", а найголовніше - незвичне, репкоровое звучання визначили платиновий статус диска. Підсумок - "Rage Against The Machine" стали найпопулярнішою альтернативною командою середини 90-х.
Однак на підготовку матеріалу для другого альбому у групи пішло цілих чотири роки, і багато хто почав говорити про її розпад. Але "чутки про смерть" виявилися занадто перебільшені, і 1996-м "Rage" повернулися з альбомом "Evil Empire", дебютував під номером один в американських чартах і супроводжувався хіт-синглом "Bulls on Parade".
У 1997-му група отримала "Grammy", після чого вирушила на гастролі в компанії з "U-2". Також влітку 1997 року команда провела спільне турне з хіп-хопової супергрупою "Wu-Tang Clan". Крім усього цього "Rage Against The Machine" вважали своїм святим обов'язком з'являтися на всіляких політмеропріятіях. У 1999-му вийшов третій лонгплей, так само як і його попередник, що дебютував у чартах на першій позиції. У перший тиждень продажів розійшлися 450000 примірників "The Battle of Los Angeles", а до наступного літа цей альбом зібрав "подвійну платину". На початку 2000 року Де Ла Роча оголосив про свої плани замутити сольний проект, і в групі виникла деяка напруженість.
Тим не менш, колектив будував плани на випуск концертного альбому, але в жовтні Зак сповістив про своє остаточне рішення покинути команду. Вже після його відходу вийшов диск "Renegades", складений з каверів Боба Ділана, "Devo", "Cypress Hill", "Minor Threat", "MC5" та інших виконавців. Згодом Морелло, Уілкі і Коммерфорд в компанії з колишнім лідером "Soundgarden" Крісом Корнеллом організували нову групу, "Audioslave".